Институт экономики и управления образован в 2006 году на базе инженерно-экономического факультета. Это известный в Республике Башкортостан и за ее пределами центр экономического образования, инновационных образовательных программ и научных исследований. К основным направлениям обучения относятся: экономика, менеджмент, управление персоналом, бизнес-информатика, государственное и муниципальное управление, инноватика.