Естественно-научный институт был создан в 1994 году, как «Центр фундаментальной подготовки», и эта направленность его учебной и научной деятельности не только сохранилась, но и получила дальнейшее развитие. Учебный процесс в институте ведется по многоуровневой системе высшего образования, предусматривающей четырехлетнее обучение по программе подготовки бакалавров с возможностью продолжения обучения по программам академической магистратуры сроком обучения 2 года.