Идея создания института возникла в 1999 г. В структуре университета уже существовали экологический, медицинский факультеты и факультет физической культуры и реабилитации. С учреждением в составе УлГУ Института медицины, экологии и физической культуры состоялось становление уникального структурного объединения ученых — биологов, экологов, медиков, психологов, физиологов.