Подготовка зооинженеров в филиале началась с 1986 года в составе объединенного факультета. Как отдельное структурное подразделение филиала зооинженерный факультет существует с 1988 года. Объектом профессиональной деятельности выпускника являются домашние и промысловые животные, птицы, рыбы, пчёлы; технологические процессы производства продукции животноводства.