Институт математики, информационных технологий и естественных наук образован 1 сентября 2020 года решением Ученого совета ИвГУ на базе биолого-химического факультета, факультета математики и компьютерных наук, физического факультета и кафедры информационных технологий в экономике и организации производства экономического факультета.