Педиатрический факультет был открыт 1966 году. Принятие решения об открытии факультета было обусловлено реальной необходимостью, дефицитом врачей-педиатров в лечебно-профилактических учреждениях Алтайского края. В настоящее время факультет обладает большим творческим потенциалом, позволяющим готовить высококвалифицированные кадры врачей педиатров.