Подготовка врачей-педиатров с 2011 года осуществляется в соответствии с требованиями Федерального государственного образовательного стандарта высшего профессионального образования по направлению подготовки (специальности) Педиатрия. После окончания академии выпускники могут специализироваться по детской хирургии, детской неврологии, детской гинекологии и другим специальностям педиатрического профиля.