Сибирский государственный университет водного транспорта является бюджетным образовательным учреждением высшего профессионального образования, учредителем которой является Федеральное агентство морского и речного транспорта. В составе университета 8 факультетов,39 кафедр, магистратура, аспирантура и докторантура, центр дополнительного профессионального образования, 4 института водного транспорта, филиал по подготовке специалистов с высшим профессиональным образованием (в Хабаровске).