В 2012 году в целях повышения эффективности и качества подготовки студентов СПО и в связи с достаточным контингентом студентов, обучающихся на специальностях СПО, на базе НГАУ был создан Факультет среднего профессионального образования. Обучение ведётся на бюджетной, целевой и коммерческой основе.