Постановление Совета Народных Комиссаров от 5 февраля 1944 г. обязывало Наркомзем СССР открыть в 1944 г. факультет механизации сельского хозяйства при Новосибирском сельскохозяйственном институте. Дополнительно в институте выпускники приобретают рабочие профессии контролера технического состояния АТС, мастера шиномонтажной мастерской, мастера-диагноста по топливной аппаратуре, мастера-диагноста ДВС, оператора ПК, экспертов технического состояния АТС.

Факультет ветеринарной медицины, созданный в 1979 г. как отделение зооинженерного факультета, получил статус самостоятельного подразделения Новосибирского сельскохозяйственного института в 1982 г. В последние годы отмечается повышение престижности профессии, о чем свидетельствует стабильный высокий конкурс. В рамках международного сотрудничества на факультете создано отделение ассоциации студентов ветеринарных вузов стран, что позволяет обмениваться студентами (Германия, Венгрия, США).

Факультет готовит ученых агрономов для производственно-технологической, организационно-управленческой и исследовательской деятельности в области организации и разработки прогрессивных технологий получения высоких и устойчивых урожаев сельскохозяйственных культур, рационального ведения систем земледелия, рационального применения удобрений, хранения и переработки продуктов растениеводства и др.

Биолого-технологический факультет (БТФ) основан на базе зооинженерного факультета. Профиль факультета — обучение производству, переработке и оценке качества продукции животноводства. На базе факультета созданы и активно работают НИИ ветеринарной генетики и селекции, НИИ животноводства, селекционный центр по свиноводству, учебно-научный центр «Птицевод» с лабораторией новых кормовых средств, лаборатория переработки отходов животноводства.

В 2012 году в целях повышения эффективности и качества подготовки студентов СПО и в связи с достаточным контингентом студентов, обучающихся на специальностях СПО, на базе НГАУ был создан Факультет среднего профессионального образования. Обучение ведётся на бюджетной, целевой и коммерческой основе.

Экономический факультет Новосибирского сельскохозяйственного института был организован за счет выделения кафедры экономики и организации производства в социалистических сельскохозяйственных предприятиях из агрономического факультета и отсоединившейся от кафедры марксизма-ленинизма кафедры экономической теории.

Юридический факультет был создан в 1998 году. Является членом Ассоциации юридических вузов Российской Федерации и Союза юристов Новосибирской области. В структуре факультета действует оснащенная в соответствии с современными требованиями лаборатория криминалистики и зал судебных заседаний, функционирует криминалистический полигон.