Факультет алтаистики и тюркологии создан на базе кафедры алтайского языка и литературы 1 февраля 2013 года. В состав факультета входят: кафедра алтайской филологии и востоковедения, научно-исследовательская лаборатория "Алтайская филология", Научно-исследовательский центр истории и культуры тюркских народов, Центр языка и культуры Китая, Центр алтаистики и тюркологии.