Естественно-географический факультет - один из старейших и динамично развивающихся факультетов Горно-Алтайского государственного университета. Весь научно-педагогический состав преподавателей естественно-географического факультета имеют ученые степени и звания. Факультет располагает современными компьютерными классами, ряд аудиторий факультета оснащен мультимедийным оборудованием с интерактивными досками. Обучение на факультете ведется с использованием современных технологий.

Историко-филологический факультет был образован 1 июля 2014 году в результате объединения исторического факультета и факультета филологии. Факультет осуществляет международные контакты с крупными российскими и международными вузами и научными центрами: Московским государственным университетом, Московским государственным областным гуманитарным институтом, Санкт-Петербургским государственным университетом, Государственным Эрмитажем, Сибирским федеральным университетом.

Психолого-педагогический факультет был создан в ГАГУ в 2005 году. На современном этапе факультет ведет подготовку бакалавров, магистров и аспирантов. Выпускники ППФ осуществляют профессиональную психолого-педагогическую, педагогическую, проектную и управленческую деятельность в различных образовательных учреждениях Республики Алтай, Алтайского края, др. регионов Западной Сибири: общеобразовательных и дошкольных образовательных учреждениях, учреждениях дополнительного образования.

Факультет алтаистики и тюркологии создан на базе кафедры алтайского языка и литературы 1 февраля 2013 года. В состав факультета входят: кафедра алтайской филологии и востоковедения, научно-исследовательская лаборатория "Алтайская филология", Научно-исследовательский центр истории и культуры тюркских народов, Центр языка и культуры Китая, Центр алтаистики и тюркологии.

Физико-математический и инженерно-технологический институт (ФМИТИ) организован 01.04.2017 г. на базе физико-математического факультета, факультета агротехнологий и ветеринарной медицины, аграрного колледжа. Объединение таких важнейших для университета структур, реализующих как направления подготовки высшего образования, так и СПО по программам подготовки специалистов среднего звена, позволило эффективно выполнять мероприятия стратегии развития университета.

Экономико-юридический факультет – это динамичный и уверенно смотрящий в будущее факультет Горно-Алтайского государственного университета, образованный путем слияния экономического и юридического факультетов 1 июля 2014 г. Выпускники факультета работают на руководящих должностях, в качестве главных и ведущих специалистов в федеральных, республиканских, местных органах власти, правоохранительных органах, органах юстиции, судебной системы и коммерческих структурах.