Институт фармации создан 01 сентября 2022 года на базе фармацевтического факультета. Основной целью создания и деятельности Института является удовлетворение потребностей фармацевтической отрасли в высококвалифицированных специалистах, осваивающих современные и передовые знания фармацевтической науки, проведение на высоком уровне научных исследований, а также внедрение результатов научных исследований в образовательный процесс и содействие практическому применению этих результатов.

Факультет широко известен научными и практическими достижениями в различных областях медицины и в первую очередь в ангиологии и сосудистой хирургии, ревматологии, оториноларингологии, офтальмологии, психиатрии, неврологии, педагогике и психологии. Выпускники успешно работают во всех регионах России, прежде всего в Ярославской, Вологодской, Костромской областях и Республике Коми

Педиатрический факультет является мощной структурой академии в подготовке специалистов современного уровня. Факультет широко известен научными и практическими достижениями в различных областях педиатрии и в первую очередь в детской пульмонологии, кардиологии и детской хирургии

Стоматологический факультет готовит врачей-стоматологов. В настоящее время учебный процесс на факультете осуществляют 10 кафедр. Факультет готовит врачей-стоматологов по специальности «Стоматология». Обучение ведется по очной форме как на бюджетной, так и на внебюджетной основе. Срок обучения составляет 5 лет.

Факультет клинической психологии и социальной работы ведет подготовку специалистов современного квалификационного уровня по специальности «Клиническая психология» (очная форма обучения) и бакалавров по направлению подготовки «Социальная работа» (очная и заочная формы обучения). В образовательном процессе задействованы 17 кафедр Университета, Центр практических навыков, медицинские организации и социальные учреждения г. Ярославля.