Выпускающие кафедры: — кафедра госпитальной терапии с курсом эндокринологии; — кафедра факультетской терапии с курсом профессиональных болезней; — кафедра факультетской хирургии с курсом урологии; — кафедра госпитальной хирургии ; — кафедра акушерства и гинекологии № 1.

В настоящее время в составе медико-профилактического факультета девять кафедр: биологической химии; гигиены с курсом гигиены детей и подростков; гигиены с курсом питания человека; гигиены труда с курсом профпатологии; микробиологии, вирусологии с курсом иммунологии; инфекционных болезней; общественного здоровья и здравоохранения; физической культуры; эпидемиологии.

Педиатрический факультет Омского государственного медицинского университета — один из первых факультетов, организованных на обширной территории Сибири и Дальнего Востока.

За годы существования стоматологического факультета подготовлено 5.650 специалистов. Всем выпускникам стоматологического факультета предоставлена возможность последипломного образования в клинической ординатуре, интернатуре, аспирантуре, как на бюджетной, так и договорной основе. Выпускники стоматологического факультета ОмГМА востребованы в различных регионах нашей страны, ближнего и дальнего зарубежья. Выпускники стоматологического факультета ОмГМА работают в 28 странах мира.

Фармацевтический факультет — самый молодой факультет ОмГМУ. Открытие фармацевтического факультета стало результатом большой совместной подготовительной работы Правительства Омской области и ректората ОмГМУ.