С 1 сентября 2002 года в университете образовано структурное подразделение — Морская академия МГТУ — с включенными в ее состав факультетами: cудоводительским; cудомеханическим; факультетом повышения квалификации. В сентябре 2015 года приказом ректора Морская академия была переименована в Морской институт.