Институт архитектуры и дизайна образован в 2019 году и готовит современных специалистов в области архитектурного проектирования и дизайна городской среды.

Институт инженерии и машиностроения образован в 2020 году на основе объединения машиностроительного и автомеханического факультетов. Институт готовит специалистов в области материаловедения и технологии материалов, конструкторско-технологического обеспечения машиностроительного производства, проектирования и разработки технологического оборудования химических и нефтехимических производств, проектирования и производства строительных и дорожных машин, энергетического машиностроения и т.д.

Институт инженеров строительства и транспорта основан в 2019 году на базе Архитектурно-строительного факультета и готовит специалистов в области строительства, водопользования и эксплуатации автомобильных дорог.

Институт химии и химической технологии - ведущее образовательное и научное подразделений ЯГТУ, общепризнанный центр подготовки высококвалифицированных специалистов в области химии и химической технологии. В состав Института входят 6 выпускающих кафедр, которые реализуют систему обучения, предусматривающую как двухуровневую программу подготовки: бакалавр (4 года) + магистр (2 года), так и обучение в специалитете (5 лет).

Институт цифровых систем создан в 2020 году и включил в себя направления подготовки, связанные с управлением информационной безопасностью, программированием и управлением в технических системах.

Институт экономики и менеджмента создан в 2020 году на базе Инженерно-экономического факультета и готовит востребованных на рынке труда специалистов в области экономики, менеджмента, управления качеством и профессионального обучения.