ИПО - структурное подразделение Университета, целью которого является совершенствование обучения клинических интернов и ординаторов, повышения квалификации и переподготовки специалистов с высшим медицинским и фармацевтическим образованием, профессорско-преподавательского состава Университета, специалистов, работающих в медицинских организациях; совершенствования оказания медицинской помощи населению.

В настоящее время лечебный факультет объединяет 16 кафедр, 14 из которых являются клиническими. Клинические кафедры базируются в крупных, хорошо оснащенных лечебных учреждениях города Красноярска. Лечебный факультет университета известен своими научными достижениями и практическими разработками. Благодаря современному техническому оснащению больниц города и края удалось внедрить много разработанных на факультете методов лечения, некоторые из них уникальные.

Медико-психолого-фармацевтический факультет – это структурное подразделение университета, которое организует подготовку обучающихся по трем специальностям: 33.05.01 Фармация, 37.05.01 Клиническая психология и 30.05.03 Медицинская кибернетика. В состав факультета входят: 9 кафедр, психологический центр. Обучение на МПФФ имеет ряд особенностей. Студенты выполняют курсовые работы по отдельным предметам, которые содержат исследовательскую часть.

За полвека на факультете было подготовлено более 7000 врачей практического здравоохранения. Выпускники факультета работают в Красноярском крае, Москве, Санкт-Петербурге, Пермской, Свердловской, Челябинской, Курганской, Тюменской, Кемеровской, Иркутской, Читинской, Амурской областях, Приморском крае, Якутии, Бурятии, Туве и за пределами России. Ряд выпускников педиатрического факультета стали известными организаторами здравоохранения края и Российской Федерации.

Основными видами деятельности Стоматологического факультета НОЦ ИнСтом являются: образовательная (вузовское и дополнительное профессиональное образование), лечебная и научно-исследовательская. В рамках вузовского компонента образовательной деятельности Стоматологический факультет НОЦ ИнСтом ведет обучение студентов по специальности 31.05.03 стоматология; ординаторов по специальностям: стоматология общей практики, стоматология терапевтическая стоматология хирургическая, стоматология детская.