Структурными подразделениями ИСХПР являются: отделение технологии сельскохозяйственного производства (ОТСХП); отделение естественных наук и природных ресурсов (ОЕНПР). Для проведения научно-исследовательской работы институт располагает учебно-научными лабораториями и центрами: химических проблем экологической безопасности, качества сельскохозяйственной продукции,исследований условий труда и др.