Медицинский факультет СПбМСИ реализует программы специалитета: Лечебное дело, Стоматология. Обучение осуществляется на кафедрах: естественнонаучных дисциплин; медикобиологических дисциплин; гуманитарных и социально-экономических дисциплин; кафедра морфологии и нормальной физиологии; кафедра патологии и судебной медицины; внутренних болезней; хирургических болезней; клинической медицины и гериатрии; акушерства и гинекологии; клинической стоматологии.