Факультет «Автоматизация и интеллектуальные технологии» (до 2013 года — «Электротехнический факультет») был организован в 1930 году в Ленинградском институте инженеров путей сообщения, который затем был переименован в Ленинградский институт инженеров железнодорожного транспорта (ЛИИЖТ).

Обучение специалистов-строителей ведется в Институте с момента его основания в 1809 году. На сегодня факультет располагает всей необходимой базой для подготовки инженеров самого высокого уровня. На факультете ведут обучение около ста преподавателей, в подавляющем большинстве имеющих высокие научные звания и степени, профессора, доктора наук, все они являются квалифицированными специалистами в своей области.

Факультет «Транспортное строительство» выпускает специалистов по изысканиям, проектированию, строительству и содержанию инфраструктуры железных и автомобильных дорог, специалистов в области тоннеле-, мосто- и метростроения, а также в области землеустройства и кадастра недвижимости.

Годом основания факультета «Транспортные и энергетические системы» (позднее — Механического, а ныне — «Транспортные и энергетические системы»), стал 1929. Ведет подготовку специалистов по программа бакалавриата, специалитета и магистратуры.

Факультет основан 14 декабря 1929 года и до 1983 года назывался Эксплуатационным. В 1983 году факультет получил новое имя «Управление процессами перевозок». За период своего существования факультет подготовил более 10000 инженеров, в том числе свыше 350 человек для 27 зарубежных стран: в том числе Германии, Китая, КНДР, Кубы, Монголии, Польши, Сирии.

Факультет "Экономика и менеджмент"­самый молодой и динамично развивающийся факультет в Университете, создание которого стало важным этапом в развитии старейшего транспортного высшего учебного заведения России в статусе технического университета. На факультете налажена международная деятельность, которая связана как с обучением студентов, так и с повышением квалификации ведущих преподавателей, профессоров и доцентов.

Факультет безотрывных форм обучения (БФО) образован 25 января 2016 г. в результате реорганизации очно-заочного и заочного факультетов. В настоящее время факультет объединяет обучающихся по очно-заочной и заочной формам обучения, и является самым большим факультетом вуза, насчитывающим более четырех тысяч обучающихся.

История факультета довузовской подготовки университета ведет свой отсчет с 1919 года, с момента образования рабочего факультета, который внес неоценимый вклад в дело подготовки специалистов для транспортной отрасли народного хозяйства. Факультет занимается научно-методической работой и участвует в международных и Российских конференциях по вопросам образования, разрабатывает и издает учебно-методическую литературу для абитуриентов.