Лечебный факультет существует с 1932 г., со времени основания Башкирского медицинского института. После завершения полного курса обучения по специальности выпускники работают по широкому кругу клинических специальностей: терапия, хирургия, акушерство и гинекология, кардиология, травматология, семейная медицина, психиатрия, дерматовенерология, онкология, урология, клиническая фармакология, реабилитология и многим другим.

В состав факультет входит 6 кафедр: Кафедра общей гигиены с экологией с курсом гигиенических дисциплин медико-профилактического факультета; Кафедра эпидемиологии; Кафедра гигиены труда и профессиональных болезней; Кафедра фундаментальной и прикладной микробиологии; Кафедра инфекционных болезней; Кафедра акушерства и гинекологии № 2.

Выпускники факультета получают первичную специализацию по специальностям: неонатология, детская хирургия, детские инфекции, детская гинекология.

По окончании обучения выпускники получают возможность послевузовской подготовки по врачебным специальностям: стоматолог общей практики, стоматолог-терапевт, стоматолог-хирург, стоматолог челюстно-лицевой хирург, стоматолог-ортопед, детский стоматолог.

Выпускники факультета руководят аптеками, работают провизорами-технологами, провизорами-аналитиками, в контрольно-аналитических лабораториях, фитоцентрах, аптеках и аптечных складах, фармацевтических фабриках, в научно-исследовательских центрах и фармацевтических институтах и лабораториях.