На лечебном факультете осуществляется подготовка по специальности «лечебное дело» на бюджетной и контрактной основе. Все лечебно-профилактические учреждения Челябинской области практически на сто процентов укомплектованы выпускниками, работающими и в близлежащих регионах, и во многих городах России, и в ведущих зарубежных клиниках.

Медико-профилактический факультет открыт в Челябинской государственной медицинской академии в 2000 году. На факультете осуществляется подготовка врачей — специалистов Государственного санитарно-эпидемиологического надзора, основной задачей которого является обеспечение санитарно-эпидемиологического благополучия населения, т. е. проведение профилактической работы. Ежегодно на факультет принимают 15 человек.

В 1970 г. в Челябинском государственном медицинском институте был открыт педиатрический факультет. На факультете в настоящее время обучается более 900 студентов. На педиатрическом факультете осуществляется подготовка врачей по специальности «Педиатрия». Выпускники педиатрического факультета после окончания обучения получают квалификацию – врач-педиатр и после прохождения первичной аккредитации могут работать участковым врачом педиатром. Узкую специальность, можно получить поступив в ординатуру.

Факультет проводит подготовку специалистов по специальности 31.05.03 «Стоматология», форма обучения студентов – очная, обучение осуществляется в соответствии с нормативным сроком освоения специальности в течение 5 лет. Выпускникам присваивается квалификация «Врач-стоматолог».

Факультет существует с 1996 года. Открытие факультета изначально было связано ростом потребности региона в высококвалифицированных специалистах организации и управлении в области сестринского дела. В настоящее время на факультете ведется обучение студентов по специальности "Клиническая психология" (очная форма).

Фармацевтический факультет в Южно-Уральском государственном медицинском университете является одним из самых молодых в России: первый набор студентов на очную форму обучения состоялся в 2005, на заочную — в 2007 г. Решение об открытии факультета во многом продиктовано возрастающей потребностью в квалифицированных кадрах с высшим фармацевтическим образованием. В последнее время численность аптечных учреждений в Челябинской области значительно увеличилась, что вызывает потребность в новых кадрах.