В институте учебный процесс обеспечивают 265 преподавателей, имеющих высокий уровень квалификации и прошедших стажировку в ведущих научных центрах и университетах России и зарубежных странах, в том числе 50 профессоров. К учебному процессу в Институте привлекаются известные ученые из Москвы, Санкт-Петербурга, Ростова-на-Дону и других городов, а также специалисты из Великобритании, Германии, Финляндии. В настоящее время ряд дисциплин в Институте преподается на иностранных языках.

Институт образован в 2017 году. Миссия: удовлетворение потребностей округа в кадрах высшей квалификации и научно-педагогических кадрах в области электроэнергетики, электроники, нанотехнологий, строительства, транспорта, машиностроения, техносферной и пожарной безопасности, дизайна, владеющих высоким уровнем профессиональных компетенций.

Институт живых систем был создан в 2012 году на базе двух структур: факультета биотехнологии пищевых продуктов СевКавГТУ и медико-биолого-химического факультета СГУ. Качество подготовки выпускников различных направлений и специальностей обеспечивается высоким уровнем кадрового состава.

Институт наук о Земле – крупнейший центр современного знания на Северном Кавказе в области географии, геоинформатики, экологии и природопользования, геологоразведки, нефтегазового дела, прикладной геологии, землеустройства и кадастров. Учебный процесс обеспечивают преподаватели, имеющие высокий уровень квалификации и прошедшие стажировку в ведущих научных центрах и университетах России и зарубежных стран.

В 2013 году в СКФУ создан Институт образования и социальных наук путем слияния Педагогического института СКФУ и социально-психологического факультета Гуманитарного института СКФУ. Миссией Института образования и социальных наук СКФУ является содействие повышению качества человеческого капитала и развитию северокавказского регионального сообщества путем подготовки высококвалифицированных кадров и наращивания интеллектуального потенциала региона.

Институт цифрового развития создан в 2012 г. Институт осуществляет подготовку по 10 направлениям подготовки бакалавриата, 3 направлениям специалитета, 11 направлениям магистратуры, 2 программам аспирантуры, а также по 33 дополнительным образовательным программам.

Институт экономики и управления – один из самых крупных структурных подразделений университета. Первый набор был осуществлен в 1972 году. В настоящее время в институте обучается 3,4 тысячи студентов. В институте готовят будущих экономистов, бухгалтеров, аудиторов, бизнес-аналитиков, финансистов, налоговиков, менеджеров, государственных и муниципальных служащих, таможенников, специалистов в сфере экономической безопасности, сервиса, электронного бизнеса и международных экономических отношений.

Факультет математики и компьютерных наук имени профессора Н.И. Червякова выделен в отдельную структуру в сентябре 2021 г. В его состав вошли кафедры, реализующие дисциплины математической и информационной направленности. Миссия факультета – удовлетворение потребностей Северо-Кавказского федерального округа и страны в кадрах высшей квалификации в области прикладной и фундаментальной математики, владеющих высоким уровнем профессиональных компетенций.

Физико-Технический факультет создан в 2020 г. путем объединения кафедр института математики и естественных наук и инженерного института ведущих исследования и реализующих направления подготовки связанные с физикой и ее применениями.

Химико-фармацевтический факультет был создан в 2020 году путем выделения в отдельную структуру всех подразделений университета, которые занимаются подготовкой специалистов и ведут научную работу в области химии, химической технологии и фармации. Качество подготовки выпускников различных направлений и специальностей обеспечивается высоким уровнем кадрового состава.